O Departamento de Cirurgia integra:
- 9 Unidades Funcionais: Cirurgia Endócrina, Cirurgia Esofago-gástrica, Cirurgia Colo-retal, Cirurgia Hepatobilio-pancreática, Cirurgia da Obesidade, Cirurgia da Mama, Cirurgia Geral, Transplantação Renal e Equipa Multidisciplinar de Medicina Peri-operatória
- 2 Unidades Funcionais Especiais: Unidade de Cirurgia de Ambulatório e Unidade de Cirurgia Experimental
- 4 Áreas Comuns: Consulta Externa Hospital de Santa Maria (HSM), e Hospital Pulido Valente (HPV), Urgência Central, Bloco operatório Central I (HSM) e Bloco operatório Central II (HPV)
- 3 centros de referência oncológica: hepatobilio-pancreático, esófago e reto.
- 1 Centro de Tratamento Cirurgico de Obesidade
- 1 Serviço de apoio residente: Serviço Social